Najwyższą władzą FSNT-NOT jest Rada Krajowa.
W skład Rady Krajowej wchodzą delegaci stowarzyszeń członkowskich przedstawiciele terenowych jednostek organizacyjnych, po jednym z każdego województwa.
W skład Rady Krajowej wchodzą także Honorowi Prezesi FSNT-NOT. Aktualnie Rada Krajowa liczy 64 delegatów.
Zarząd Główny FSNT-NOT kieruje działalnością zgodnie ze Statutem, regulaminami i uchwałami Rady Krajowej oraz reprezentuje FSNT-NOT na zewnątrz. Zarząd tworzą Prezes FSNT-NOT oraz członkowie (wiceprezesi) wybierani przez Radę Krajową na okres 4-letniej kadencji.
Organem kontroli wewnętrznej FSNT-NOT jest Główna Komisja Rewizyjna.
